Anticamente nel 1349, fu costruito un oratorio dalla Compagnia della Santissima Annunziata, animata dalla volontà di compiere opere di misericordia sostenuta dalla preghiera, dove ancora oggi e visibile sopra la porta d'ingresso l'Annunciazione dipinta da Spinello verso il 1370-75. La costruzione della chiesa, iniziò nel 1490, su disegno di Bartolomeo della Gatta; il quale morì nel 1502. I lavori furono così affidati ad Antonio da Sangallo il Vecchio, che portò a termine, la tribuna e il presbiterio, cercando di rispettare l'originale disegno del suo predecessore. Durante i lavori la Compagnia dispose la demolizione della facciata, disegnata dal Della Gatta, per costruirne una nuova, integrandola all'area dell'antico oratorio trecentesco. Sul nuovo spazio acquisito, nel 1523, Antonio da Sangallo finì di costruirvi un bellissimo atrio. Successivamente, nel 1528 la Compagnia,decise di apportare delle modifiche, ultimate nel 1586, costruendo le navate laterali, appesantendo così la struttura. L'altare maggiore, introdotto nel 1600 ruppe l'armonia rinascimentale della linea tra il presbiterio e la tribuna, coprendo la serliana costruita dal Sangallo. Nel 1706 la chiesa venne consacrata, ma a causa delle spese rimase incompiuta; e nel 1785 la Compagnia venne soppressa; da allora la chiesa non subì lavori al di fuori della normale manutenzione. Tra le opere presenti internamente risaltano le vetrate istoriate del Marcillat, un pregevole dipinto di Pietro Berrettini da Cortona, eseguito nella prima metà del Seicento; raffigurante la Madonna che appare a S.Francesco.